Siguiendo los lineamientos del correspondiente Plan de Manejo (documento elaborado con los diferentes actores locales, que plantea los objetivos y acciones para la protección de un área natural), se trabaja en 4 grandes programas:

I. Manejo de los Recursos Naturales, que investiga y monitorea el estado de los recursos naturales presentes, y ejecuta acciones directas para su restauración cuando es necesario.

II. Uso Público, que promueve el Parque, sus beneficios y la importancia de conservarle, ante la sociedad en general, y propicia las condiciones para su uso turístico.

III. Desarrollo Social Sostenible, que busca mejorar la calidad de vida de las personas, promoviendo su relación armónica con los recursos naturales.

IV. Operaciones y Administración, que mantiene las condiciones necesarias para que el equipo humano pueda desarrollar su trabajo de conservación.

Las principales acciones del manejo incluyen: la protección y vigilancia, la habilitación y mantenimiento de infraestructuras adecudas, la investigación de los recursos bio-físicos, la producción de materiales educativos, la atención turística, la educación ambiental, el desarrollo de alternativas productivas y la gestión de recursos, entre otras.